2016年夏天，西班牙名帅瓜迪奥拉入主曼城。在瓜迪奥拉的战术体系下，费尔南迪尼奥出色的阅读比赛能力和对传控战术的深刻理解得到了充分发挥。尽管在瓜帅执教的首个赛季，他出战44场比赛，收获3球1助攻，但也领到了3张红牌，创造了职业生涯单赛季染红纪录，但他凭借着在中场的拦截和组织能力，迅速赢得了瓜迪奥拉的信任，成为球队的主力后腰。在2017/18赛季，他帮助曼城以创纪录的100分夺得英超冠军，并在2018/19赛季帮助球队豪取英超、英格兰足总杯、英格兰联赛杯和社区盾杯四项本土赛事冠军，成就本土四冠王的伟业。

2019年夏天，曼城激活了马德里竞技后腰罗德里的6000万欧元违约金条款，将其招致麾下，作为费尔南迪尼奥的接班人。当时，34岁的费尔南迪尼奥逐渐面临年龄带来的挑战，曼城的这一举动也在情理之中。然而，新赛季开始后不久，曼城队中后卫拉波尔特和斯通斯相继受伤，费尔南迪尼奥临危受命，客串中后卫位置。那个赛季，曼城未能成功卫冕英超冠军，但费尔南迪尼奥的出场次数依然高达42次，与前一个赛季持平。这位老将兢兢业业的职业态度，赢得了球迷和媒体的一致赞誉。

2020年夏天，随着曼城队长大卫席尔瓦的离队，费尔南迪尼奥众望所归地成为了球队的新任队长。2020/21赛季，日臻成熟的罗德里逐渐成为球队后腰位置上的首选，费尔南迪尼奥的出场时间相应减少。然而，在赛季后半程，罗德里由于体能下降状态有所下滑，费尔南迪尼奥再次挺身而出，扛起了曼城的中场大旗，为球队最终夺得英超冠军，并历史性地闯入欧冠决赛立下了汗马功劳。

然而，在那个赛季的欧冠决赛中，曼城主教练瓜迪奥拉出人意料地排出了一个无腰阵型，京多安出任单后腰，而罗德里和费尔南迪尼奥这两位经验丰富的后腰球员却同时坐在了替补席上。最终，曼城遭遇了哈弗茨的致命一击，以0-1的比分落后。下半场，费尔南迪尼奥替补登场，曼城的攻防两端得到了明显的改善，但最终未能改变比赛结果，与队史上的首座欧冠奖杯失之交臂。这场失利，也成为了费尔南迪尼奥职业生涯中最大的遗憾。

在接下来的2021/22赛季，曼城成功卫冕英超冠军，并在欧冠联赛中杀入四强。由于凯尔沃克和斯通斯等球员的相继受伤，曼城在右后卫位置上出现人员短缺，36岁的费尔南迪尼奥再次临危受命，客串右后卫。然而，面对年轻气盛的维尼修斯，费尔南迪尼奥在速度和爆发力上明显处于劣势，只能疲于招架。2021/22赛季结束后，费尔南迪尼奥婉拒了曼城提供的续约合同，选择回到自己的老东家巴拉纳竞技。

事实上，费尔南迪尼奥之所以做出这样的决定，是因为他清楚地意识到罗德里已经能够完全胜任曼城后腰位置上的重任，而37岁的自己也已经开始感到力不从心，无法在每周三赛的高强度比赛中始终保持最佳状态。但他仍然怀揣着对足球的热爱和梦想，不愿在替补席上消磨时光，而是毅然选择回到巴拉纳竞技，继续追逐自己的足球梦想。这是一个令人肃然起敬的选择。一年之后，曼城终于实现了欧洲三冠王的伟业。虽然费尔南迪尼奥没有能够亲身站在领奖台上，但这座欧冠奖杯，同样也属于他的一份荣耀。